Ključna razlika između CDS-a i cDNA je ta što je CDS ili kodirajuća sekvenca dio transkripta koji se zapravo prevodi u protein, dok je cDNA sekvenca DNA sekvenca izvedena iz mRNA obrnutom transkripcijom.
Gen je nukleotidna sekvenca koja kodira protein. Sastoji se od različitih regija kao promotorska regija, mjesto inicijacije transkripcije, egzoni, početni kodon, introni i zaustavni kodon. Stoga gen ima i kodirajuće i nekodirajuće sekvence. Kodirajuće sekvence ili CDS odnose se na egzone i dva kodona, koji su početni i zaustavni kodon. Slijed je taj koji se zapravo prevodi u protein. Suprotno tome, cDNA je DNA sekvenca izvedena iz mRNA obrnutom transkripcijom.
