Ključna razlika između glioksisoma i peroksizoma je u tome što su glioksisomi prisutni samo u biljnim stanicama i vlaknastim gljivama, dok su peroksisomi prisutni u gotovo svim eukariotskim stanicama. Glioksisoma ima u obilju u biljnim stanicama klijavih sjemenki, dok su peroksisomi obilne u stanicama jetre i bubrega.
Te dvije organele su mikro-tijela prisutna u eukariotskim stanicama. Glioksisomi su specijalizirani peroksizomi koji se nalaze samo u biljnim stanicama i nitastih gljivama. Peroksizomi su organeli koji pomažu razbiti duge lance masnih kiselina i detoksicirati stanicu. Razgrađuju alkohole i druge štetne spojeve.
