Ključna razlika između somatske varijacije i germinalne varijacije je u tome što je somatska varijacija genetska varijacija koja se javlja u somatskim stanicama, dok je germinalna varijacija genetska varijacija koja se javlja u zametnim stanicama poput jajašaca ili sperme.
Genetska varijacija odnosi se na postupak promjene genetskog materijala organizma ili razlike u sekvencama DNA između jedinki unutar populacije. Sljedovi DNA podložni su promjenama s vremenom u generaciji u generaciju. Genetska rekombinacija jedan je od glavnih mehanizama koji uzrokuju genetske varijacije. Nadalje, mutacija također može uzrokovati genetske varijacije. Genetski višećelijski organizmi posjeduju dvije glavne vrste stanica; somatske stanice i zametne stanice. Stoga su genetske varijacije dvije vrste; oni su somatska varijacija i zametna varijacija. Ako se genetska varijacija dogodi u somatskim stanicama, nazivamo je somatskom varijacijom, a ako se genetska varijacija događa u spolnim stanicama, nazivamo je zametnom varijacijom. Somatske varijacije uglavnom nisu nasljedne, dok su zametne varijacije uglavnom nasljedne.
