Ključna razlika između genetske karte i fizičke karte je u tehnikama koje se koriste u mapiranju genoma. Pri generiranju genetske karte, genetski biljezi i genetski lokusi koriste se za proučavanje uzoraka genske povezanosti, dok se fizičko mapiranje koristi tehnikama molekularne biologije kao što su polimorfizam ograničenja dužine fragmenta (RFLP) i tehnike hibridizacije.
Genetičke karte i Fizičke karte dvije vrste karata koje su konstruirane da prikazuju gene smještene u kromosomima. Oni uključuju genetsku dijagnostiku i predviđaju evoluciju u vezi s analizom genoma. Nadalje, koriste se za analizu udaljenosti između genskih lokusa i za analizu polimorfizama gena.
