Ključna razlika između gel filtracije i gel permeacijske kromatografije je u tome što je mobilna faza gel filtracijske kromatografije vodena otopina, dok je mobilna faza gel permeacijske kromatografije organsko otapalo.
I gel filtracija i gel propusna kromatografija spadaju u kategoriju kromatografije isključivanja veličine u kojoj možemo razdvojiti molekule u otopini, ovisno o njihovoj veličini. To jest, ponekad, možemo razdvojiti molekule prema njihovoj molekularnoj težini. Obično koristimo ove tehnike za odvajanje složenih molekula, poput proteina, i u industrijskim razmjerima, za odvajanje polimernih materijala. Glavna razlika između gel filtracije i gel propusne kromatografije je u mobilnoj fazi koju koristimo u svakoj tehnici.
