Ključna razlika između GFP i EGFP je u tome što je GFP protein divljeg tipa ugrađen u molekularno kloniranje stanica ne sisavaca, dok je EGFP poboljšani ili konstruirani tip GFP koji se može koristiti na stanicama sisavaca.
Molekularno kloniranje napredna je tehnika koju znanstvenici neizmjerno koriste u ekspresiji proteina rekombinantnom tehnologijom. U tehnologiji rekombinantne DNA potrebno je uspješno transformirati rekombinantni vektor u organizam domaćina. Stoga bi tijekom procesa transformacije trebalo identificirati i potvrditi je li gen od interesa transformiran u domaćina ili nije. Da bi to procijenili, molekularni biolozi usvajaju nekoliko tehnika. Od tih tehnika jedan je reporter gen. Ti reporterski geni djeluju kao odabirljivi biljezi za odabir ispravnih transformanta. Dakle, zeleni fluorescentni protein (GFP) i poboljšani zeleni fluorescentni protein (EGFP) dva su izvještajna proteina koja se koriste u molekularnom kloniranju.
