Ključna razlika između DNA i cDNA je u tome što DNA sadrži i eksone i introne, dok cDNA sadrži samo eksone.
DNA i cDNA dvije su vrste nukleinskih kiselina koje se sastoje od deoksiribonukleotida. DNA je jedna od najvažnijih makromolekula živih organizama koja čini genom. Genom sadrži ukupne genetske informacije o organizmu. Sastoji se od različitih tipova sekvenci, uključujući egzone koji kodiraju sekvence i introne koji nisu nekodirajuće sekvence. S druge strane, cDNA ili komplementarna DNA još je jedan oblik DNA koji znanstvenici umjetno sintetiziraju iz molekula mRNA. Budući da cDNA potječe iz predložaka mRNA, ona ne sadrži nekodirajuće sekvence ili introne.