Ključna razlika između matične krvi iz pupkovine i matične stanice koštane srži je ta što su matične stanice iz pupkovine krvotvorne stanice koje su prisutne u pupkovini novorođenčeta nakon poroda, dok su matične stanice koštane srži matične stanice prisutne u koštanoj srži tkivo jedinki.
Transplantacija matičnih stanica uobičajeni je terapijski postupak u kojem pacijent prima dozu krvotvornih (matičnih) stanica kako bi nadomjestio vlastite uništene stanice bolešću ili drugim terapijskim postupcima. Matične stanice iz pupkovine i matične stanice koštane srži imaju terapijske svrhe (transplantacije). Stoga je uobičajena upotreba ovih matičnih stanica zamjena nezdravih stanica zdravim. Klinički su najčešći izvori zdravih stanica stanice pupkovine i stanice koštane srži.
