Ključna razlika između epistatičnog gena i hipostatskog gena je u tome što je epistatični gen gen koji utječe na ekspresiju drugog gena na drugom lokusu, dok je hipostatični gen gen koji podliježe uplitanju epistatičnog gena.
Određeni geni ovise o drugim nealelnim genima zbog svoje ekspresije. Epistaza je oblik interakcije gena u kojem jedan gen ometa ili prikriva ekspresiju drugog gena smještenog u drugom lokusu. Dakle, to je vrsta nealelne interakcije gena. U ovoj posebnoj interakciji gena, dva gena međusobno djeluju, a to su epistatički i hipostatski gen. Sukladno tome, gen koji maskira ekspresiju drugog gena poznat je pod nazivom epistatički gen, dok je gen na čiji je utjecaj pogođen poznat kao hipostatski gen.
