Ključna razlika između metagenomije i metatranskriptomike oslanja se na vrstu biomolekula proučavanih u svakom području. Metagenomija proučava DNK, njene sekvence i ponašanje u organizmima, dok metatranskriptomija proučava transkribiranu DNA, uglavnom sekvence mRNA i njezino ponašanje u organizmima.
Metagenomija i metatranskriptomija dva su područja koja su tijekom godina stekla veliku popularnost u odnosu na mikrobnu zajednicu. Važni su u zdravstvu, industriji i poljoprivrednoj biotehnologiji. I metagenomija i metatranskriptomika omogućuju proučavanje pojedinih organizama u zajednici i njihovih funkcionalnih uloga koje su ili korisne ili štetne.
