Ključna razlika između teorije molekularne orbite i teorije hibridizacije je ta što teorija molekularne orbitale opisuje nastanak veznih i protuvezujućih orbitala, dok teorija hibridizacije opisuje nastanak hibridnih orbitala.
Postoje različite teorije razvijene za određivanje elektroničke i orbitalne strukture molekula. VSEPR teorija, Lewisova teorija, teorija valentnih veza, teorija hibridizacije i teorija molekularnih orbitala tako su važne teorije. Među njima je najprihvatljivija teorija molekularne orbite.
