Ključna razlika između diferencijacije i morfogeneze je u tome što diferencijacija opisuje kako se stanice postaju specijalizirane kako bi izvršavale jedinstvene funkcije, dok morfogeneza opisuje razvoj oblika živih organizama.
Višećelijski organizmi započinju svoj život iz jedne stanice, bilo da tvore spore ili zigotu. Stoga su stanična diferencijacija i morfogeneza dva različita i glavna procesa koja se događaju tijekom razvoja višećelijskog organizma. Diferencijacija je postupak formiranja različitih specijaliziranih tipova stanica. Dovodi do sazrijevanja stanica i tkiva koje obavljaju određene funkcije za organizam. S druge strane, morfogeneza je proces razvoja različitih oblika živih organizama. Određuje oblik stanica, tkiva, organa ili organizama.
