Ključna razlika između eksencefalije i anencefalije je u tome što je eksencefalija cefalički poremećaj u kojem se moždana tkiva nalaze izvan lubanje zbog odsutnosti lubanjske šupljine i vlasišta. U međuvremenu, anencefalija je cefalični poremećaj koji je karakteriziran odsutnošću većeg dijela mozga, lubanje i vlasišta zbog neuspjeha zatvaranja rostralne neuropore.
Kongenitalni poremećaji nastaju zbog neuronskih defekata koji se događaju tijekom trudnoće. Oni dovode do visokog stupnja smrtnosti, što stanje čini fatalnim. Eksencefalija i anencefalija dva su takva urođena poremećaja, kao i cefalični poremećaji koji se vide u novorođenčadi. U eksencefaliji se mozak nalazi izvan lubanje. U anencefaliji nema većeg dijela mozga, lubanje i vlasišta. Ekcencefalija se smatra embriološkim prethodnikom anencefalije. Međutim, ekencefalija je izuzetno rijetko stanje u usporedbi s anencefalijom.
