Ključna razlika između anammoxa i denitrifikacije je u tome što se anammox odnosi na anaerobnu amonijevu oksidaciju, koja u anoksičnim uvjetima pretvara amonij i nitrite u plin dušika. U međuvremenu, dok je denitrifikacija biološka transformacija nitrata u N 2 denitrificiranjem bakterija.
Ciklus dušika važan je biogeokemijski ciklus u kojem se dušik pretvara u različite kemijske oblike kao što su NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -itd. U ciklusu dušika vide se četiri glavna procesa. Oni su fiksacija, amonifikacija, nitrifikacija i denitrifikacija. Mnoge od ovih procesa provode mikroorganizmi, posebno bakterije prisutne u tlu. Anammox je jedan od najnovijih dodataka ciklusu dušika. To je postupak anaerobne oksidacije amonijaka. Specifična skupina bakterija poznata kao planktomiceti provode ovaj postupak. Posjeduju posebnu organelu nazvanu anammoksosomi, koja pruža mjesto anammoks reakcije. Međutim, na kraju i denitrifikacija i anammoks proizvode plinoviti dušik.
