Ključna razlika između gena kandidata i GWAS je u tome što pristup genu kandidata istražuje genetske varijacije unutar malog broja unaprijed navedenih gena od interesa, dok GWAS istražuje čitav genom zbog uobičajene genetske varijacije iza određenog stanja bolesti.
Pristup genskom pristupu i proučavanje povezanosti genoma (GWAS) dvije su metode važne za otkrivanje genetske osjetljivosti na bolesti. Pristup genima kandidatima temelji se na unaprijed određenom malom broju gena, dok se GWAS temelji na testiranju cijelog genoma. Stoga pristup pristupnom genu zahtijeva prethodno znanje o genima važnim za bolest, za razliku od GWAS-a.
