Ključna razlika između mutagena i teratogena je u tome što je mutagen tvar ili sredstvo koje uzrokuje promjenu u slijedu DNA pojedinca, dok je teratogen sredstvo koje nanosi štetu fetusu ili embriju u razvoju tijekom trudnoće.
Mutageni i teratogeni obično su kemijski agensi. Međutim, fizička i biološka sredstva mogu djelovati i kao mutagen ili teratogen. I jedno i drugo može dovesti do vrlo štetnih ili smrtonosnih učinaka na pojedince. Međutim, poboljšanje biotehnologije dalo je novi uvid u koncepte mutagena i teratogena.
