Ključna razlika - popravak osnovnog izrezivanja vs popravak nukleotidnog izrezivanja
DNA je često podložna oštećenjima zbog različitih unutarnjih i vanjskih čimbenika. Međutim, stanični sustavi za popravak odmah i stalno ispravljaju oštećenja prije nego što postanu mutacije ili prije nego što se prenesu u sljedeće generacije. Postoje tri vrste sustava za popravak ekscizije u stanicama: popravak ekscizije nukleotida (NER), popravak ekscizije baze (BER) i popravak neusklađenosti DNA (MMR) za popravak oštećenja jednolančane DNA. Ključna razlika između popravka ekscizije baze i popravka ekscizije nukleotida je u tome što je popravak ekscizije baze jednostavan sustav popravka koji djeluje u stanicama da bi popravio oštećenja pojedinačnih nukleotida uzrokovana endogeno, dok je popravak nukleotida složeni sustav popravka koji djeluje u stanicama da bi se usporedno popravio veća, oštećena područja uzrokovana egzogeno.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je popravak ekscizije baze
3. Što je popravak ekscizije nukleotida
4. Usporedba usporedivo - Popravak ekscizije baze vs popravak ekscizije nukleotida
5. Sažetak
Što je popravak izrezivanja baze?
Popravak bazne ekscizije najjednostavnija je inačica sustava za popravak DNA koju stanice imaju. Koristi se za popravak manjih oštećenja u DNK. DNA baze su modificirane zbog deaminiranja ili alkilacije. Kada postoje oštećenja baze, DNA glikozilaza prepoznaje i aktivira sustav za popravak ekscizije baze i obnavlja ga uz pomoć enzima AP endonukleaze, DNA polimeraze i DNA ligaze. Sljedeći koraci uključeni su u BER sustav.
- Prepoznavanje i uklanjanje netočne ili oštećene baze pomoću DNA glikozilaze kako bi se stvorilo abasično mjesto (mjesta gubitka baze - apiurinska ili apirimidinska mjesta).
- Rez abasičnog mjesta apurinskom / apirimidinskom endonukleazom
- Uklanjanje preostalog fragmenta šećera pomoću lijaze ili fosfodiesteraze
- Ispunjavanje praznina DNA polimerazom
- Brtvljenje zareza DNA ligazom
Slika 01: Put za popravak ekscizije baze
Što je popravak ekscizije nukleotida?
Popravak nukleotidnog izrezivanja (NER) važan je sustav za popravak DNA ekscizije u stanicama. U stanju je popraviti i zamijeniti oštećena područja duljine do 30 baza, a usmjerava ih neoštećena nit šablona. Uobičajena oštećenja DNA nastaju zbog ultraljubičastog zračenja, a NER štiti DNA popravljajući ta oštećenja neposredno prije nego što postanu mutacije i pređu u buduće generacije ili uzrokuju bolesti. NER posebno pruža zaštitu od mutacija koje neizravno uzrokuju egzogeni čimbenici kao što su okolišni i kemijski kancerogeni. NER se vidi u gotovo svim organizmima i prepoznaje oštećenja koja uzrokuju značajna iskrivljenja u spirali DNA.
NER postupak uključuje djelovanje mnogih bjelančevina kao što su XPA, XPB, XPC, XPD, XPE, XPF, XPG, CSA, CSB itd., A odvija se kroz nekoliko izrezanih i paste sličnih mehanizama. Ti su proteini ključni za završetak postupka popravljanja, a kvar na jednom od NER proteina je vitalni i može izazvati rijetke recesivne sindrome: xeroderma pigmentosum (XP), Cockayneov sindrom (CS) i fotoosjetljivi oblik poremećaja lomljive kose trihotiodistrofija (TTD).
Slika 02: Popravak ekscizije nukleotida
Koja je razlika između popravka bazne ekscizije i nukleotidne ekscizije?
Diff Article Sredina prije tablice
Osnovni popravak ekscizije vs popravak ekscizije nukleotida |
|
| Popravak bazne ekscizije (BER) je sustav za popravak DNA koji se javlja u stanicama. | Popravak nukleotidne ekscizije (NER) još je jedna vrsta sustava za popravak DNA koja se nalazi u stanicama. |
| Prepoznavanje DNK adukata | |
| BER popravlja oštećenja na malim aduktima DNA. | NER popravlja velike DNK adukte. |
| DNA oštećenja | |
| BER prepoznaje oštećenja koja ne uzrokuju značajna iskrivljenja zavojnice DNA. | NER prepoznaje oštećenja koja uzrokuju značajna iskrivljenja zavojnice DNA. |
| Uzroci oštećenja DNA | |
| BER popravlja štetu nastalu endogenim mutagenima. | NER popravlja štetu nastalu egzogenim mutagenima. |
| Složenost | |
| BER je najmanje složen sustav popravka | Složeniji je od BER-a. |
| Potreba za proteinima | |
| BER ne zahtijeva druge proteine. | NER zahtijeva nekoliko genskih proizvoda, posebno proteina, kako bi razlikovao oštećena i neoštećena područja. |
| Pogodnost | |
| BER je pogodan za ispravljanje jednobazne štete. | NER je pogodan za nadomještanje oštećenih područja. |
Sažetak - Osnovni popravak ekscizije vs popravak ekscizije nukleotida
NER i BER su dvije vrste postupaka za popravak ekscizije DNA koji se nalaze u stanicama. BER je u stanju popraviti male štete prouzročene endogeno, dok je NER u stanju popraviti područja oštećenja do 30 duljina osnovnog para uzrokovana uglavnom egzogeno. BER se razlikuje od NER-a po prepoznatljivim vrstama podloga i u početnom događaju cijepanja. BER također može prepoznati oštećenja koja nisu prouzročena značajnim izobličenjima u zavojnici DNA, dok NER prepoznaje značajna izobličenja zavojnice DNA. To je razlika između popravka ekscizije baze i ekscizije nukleotida.
Ljubaznost slike:
1. „Izvrsnost baze za popravak DNK en“Napisala LadyofHats - (Public Domain) putem Commons Wikimedia
2. „Shematski prikaz modela za put popravljanja ekscizije nukleotida pod nadzorom proteina Uvr“Napisao Rihito Morita, Shuhei Nakane, Atsuhiro Shimada, Masao Inoue, Hitoshi Iino, Taisuke Wakamatsu, Kenji Fukui, Noriko Nakagawa, Ryoji Masui i Seiki Kuramitsu - (CC BY 1.0) putem Commons Wikimedia
