Ključna razlika - Blunt vs Sticky End Ligation
Restrikcijske endonukleaze su specifični enzimi koji režu dvolančanu DNA (dsDNA). U molekularnoj biologiji poznati su i kao molekularne škare. Restrikcijski enzimi sposobni su prepoznati specifične kratke sekvence dsDNA poznate kao mjesta prepoznavanja i cijepati fosfodiesterske i vodikove veze da bi se otvorile dvostruke niti. Kao rezultat cijepanja tih enzima, fragmenti DNA nastaju s različitim vrstama krajeva, poput ljepljivih i tupih krajeva. DNA ligaza je enzim koji se koristi u molekularnoj biologiji za spajanje dva susjedna lanca DNA stvaranjem novih veza. Korak je poznat kao ligacija, a prema vrsti podvezane DNA na kraju, oni se mogu nazvati podvezivanjem tupog kraja i podvezivanjem ljepljivog kraja. Ključna razlika između podvezivanja tupog i ljepljivog kraja je u tome što se podvezivanje tupog kraja događa između fragmenata DNA koji sadrže dva tupa kraja, dok se podvezivanje ljepljivog kraja događa između 5 'i 3' prevjesa. U usporedbi s tupim podvezivanjem na kraju, ljepljivo podvezivanje na kraju je učinkovitije i stabilnije.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je podvezivanje tupog kraja
3. Što je podvrgavanje ljepljivim krajevima
4. Usporedba usporedno - Tupo vs ljepljivo podvezivanje
5. Sažetak
Što je Blunt End ligacija?
Neke restrikcijske endonukleaze mogu presjeći DNA na suprotnim bazama i stvoriti fragmente tupog kraja DNA. Ti su enzimi poznati kao rezači s tupim krajevima; oni se cijepaju ravno do sredine restrikcijskog mjesta ne ostavljajući jednolančane previse baze. Tupi krajevi poznati su i kao nevišeni krajevi, jer na krajevima nemaju 3 'i 5' previsećih osnova. Obje niti završavaju od baznih parova tupim krajevima. Uobičajeni enzimi za rezanje tupog kraja su EcoRV HaeIII, AluI i SmaI.
Podvezivanje tupih krajeva uključeno je između dva tupa kraja. To nije podvezivanje isturenih baza. Ova ligacija je manje učinkovita od ljepljive krajnje ligacije. Međutim, u nekim prilikama tupa ligacija krajeva postaje povoljnija od ljepljive end ligacije, posebno kada se vežu PCR proizvodi. PCR proizvodi se uvijek proizvode s tupim krajevima. Tupi kraj ligacije ne zahtijeva komplementarne krajeve u DNA za ligaciju.
Slika 01: Tupa krajnja proizvodnja enzimom Eco RV
Što je lijepljenje na kraju?
Neke restrikcijske endonukleaze mogu presjeći dsDNA, ostavljajući na kraju nadvijeni komadić jednolančane DNA. Ti su krajevi poznati kao ljepljivi ili prevjesni krajevi. Podvezivanje ljepljivog kraja događa se između dva fragmenta DNA koja sadrže odgovarajuće prevjese, jer su ljepljivi krajevi posjedovani s nesparenim bazama i zahtijevaju komplementarne baze za stvaranje veza. Stoga je potrebno koristiti isti restrikcijski enzim za oba izvora DNA da bi se dobili podudarni ligantni fragmenti.
Podvezivanje ljepljivim krajevima je učinkovitije i često je vrlo poželjno u postupcima kloniranja. Postoji nekoliko restrikcijskih enzima koji proizvode ljepljive krajeve. To su EcoRI, BamHI, HindIII itd.
Slika 02: Ljepljiva krajnja proizvodnja enzimom Eco RI
Koja je razlika između Blunt i Sticky End Ligation?
Diff Article Sredina prije tablice
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Povezivanje tupog kraja događa se između dva fragmenta DNA tupog kraja. | Podvezivanje ljepljivog kraja događa se između dva odgovarajuća fragmenta DNA s ljepljivim krajevima. |
| Enzimi | |
| Rezači s tupim krajevima proizvode tupe krajeve. | Ljepljivi krajevi za rezanje daju ljepljive ili kohezivne krajeve. |
| Uvjet podudaranja završava | |
| Ne zahtijeva podudaranje fragmenata ili komplementarnih osnova. | Potrebne su komplementarne baze na krajevima da bi se stvorili parovi baza. |
| Učinkovitost | |
| Manje je učinkovita od ljepljive podvezivanja na kraju | Učinkovitiji je od podvezivanja s tupim krajem. |
Sažetak - Blunt vs Sticky End Ligation
Restrikcijske endonukleaze su sposobne cijepati dsDNA i stvarati fragmente DNA s različitim krajevima. Prepoznaju određene sekvence i ograničavaju DNA stvarajući ljepljive i tupe krajeve. Ljepljivi krajevi imaju nesparene baze na kraju ulomaka. Tupi krajevi nastaju uslijed ravnog cijepanja i na krajevima imaju parove baza. Podvezivanje ljepljivog kraja zahtijeva dva komplementarna jednolančana DNK dijela. Podvezivanje tupog kraja događa se između bilo koja dva ulomka tupog kraja. To je razlika između tupe i ljepljive podveze.
