Ključna razlika između prvog i drugog messenger sustava je u tome što se prvi messenger sustav odnosi na izvanstanične signalne molekule, dok se drugi messenger sustav odnosi na unutarstanične signalne molekule.
Prvi i drugi sustav glasnika sastoje se od različitih vrsta signalnih molekula. Prvi su glasnici izvanstanične molekule, često hormoni ili neurotransmiteri. Suprotno tome, drugi su glasnici unutarćelijske molekule koje prenose signale s receptora stanične membrane na ciljeve unutar stanice. Proces signalizacije stanice započinje kada se signalna molekula (ligand) veže za receptor stanice. Ovo vezanje mijenja unutarćelijsku domenu receptora, što pokreće unutarćelijske signalne putove.
