Ključna razlika između genokopije i fenokopije je u tome što u genokopijama fenotipi pokazuju sličnost i genotip se mijenja, dok se u fenokopiji fenotipi razlikuju i genotip ostaje nepromijenjen.
Razlika između genokopije i fenokopije uključena je u objašnjavanje rijetkih pojava genetike. Ta dva koncepta pokazuju kako se tradicionalna genetika ili mendelovska genetika mogu razlikovati ovisno o iznimkama u prirodi. Genokopija se odnosi na fenomen davanja sličnog fenotipa unatoč tome što ima drugačiji genotip. Suprotno tome, fenokopija se odnosi na fenomen različitih fenotipova unatoč tome što genotip ostaje nepromijenjen.
