Ključna razlika između kongenera i izomera je ta što se kongener odnosi na kemijske spojeve koji imaju slične strukture i slična svojstva. U međuvremenu, izomer se odnosi na molekule iste kemijske formule, ali različite strukture.
Pojmovi kongener i izomer odnose se na skupine spojeva koji su grupirani prema njihovim sličnostima. Pojam kongener može imati različite definicije, ali u kemiji uglavnom koristimo definiciju koja navodi da su kongeneri kemijski spojevi slične strukture i sličnih svojstava. S druge strane, izomeri su spojevi različite strukture, ali sličnog atomskog sastava; stoga imaju i različita svojstva.
