Ključna razlika - Primjeri za PCR vs Primeri za sekvenciranje
S nedavnim razvojem na polju molekularne biologije, razvijene su različite genetske tehnike koje su olakšale i precizirale procese ispitivanja različitih područja ispitivanja. PCR i drugi postupci sekvenciranja dvije su važne takve tehnike. Koriste različite podkomponente. Primeri se smatraju glavnom potkomponentom zajedničkom i za PCR i za tehnike sekvenciranja. PCR početnice koriste se za amplifikaciju određene DNA sekvence, dok se sekvence za sekvenciranje koriste u kontekstu sekvenciranja DNA fragmenta s namjerom da se otkrije njegov specifični redoslijed nukleotidne sekvence. To je ključna razlika između primera za PCR i primera za sekvenciranje.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što su PCR početnice
3. Što su sekvence za početnike
4. Sličnosti između PCR primera i sekvence za početnike
5. Usporedba - PCR početnice vs sekvence za početnike u tabličnom obliku
6. Sažetak
Što su PCR početnice?
Lančana reakcija polimeraze (PCR) genetska je tehnika koja se koristi u polju molekularne biologije kako bi se pojačala jedna ili nekoliko kopija određenog segmenta DNA i dobili mnogi milijuni identičnih kopija. U PCR reakciji koriste se različite komponente, uključujući početnice. Primeri su kratke DNA lanci s nukleotidnom duljinom 18-25 što ih čini kompatibilnima s početnim i završnim dijelom DNA fragmenata koji se trebaju pojačati. Primeri mogu biti premaz za naprijed i natrag. Ti se početnici vežu za fragment DNA na određenim točkama gdje on stvara DNA polimerazu da se vežu za određeni primer na tom mjestu i započinju sintezu novog lanca DNA.
Odabir početnih slojeva važan je aspekt PCR postupka. Važan je odabir duljine temeljnog premaza. Idealna duljina bila bi 18-25 nukleotida. Ako je duljina prekratka ili preduga, početnici se neće vezati za DNA sekvencu da bi se točno pojačali. Prekratke početnice vode do nespecifičnog žarenja primera na različitim mjestima DNA sekvence.
Slika 01: PCR početnice
Sadržaj gvanina i citozina (GC) u dobrom temeljnom premazu trebao bi biti u rasponu od 40-60. Temperatura žarenja temeljnog premaza i temperatura topljenja vitalni su čimbenici tijekom PCR-a. Treba točno izračunati temperaturu taljenja, a temperatura žarenja temeljnog premaza treba biti 5 0 C niža od temperature taljenja. Temperatura topljenja trebala bi biti 60 ° C i 75 ° C. Previsoke ili preniske temperature rezultirat će manje aktivnom aktivnošću DNA polimeraze.
Što su prajmeri za sekvenciranje?
Primeri za sekvenciranje koriste se u kontekstu sekvenciranja DNA fragmenta s namjerom da se otkrije njegov specifični identitet. Za postizanje dobrih rezultata sekvenciranja važni su visokokvalitetni početnici i predlošci. Dakle, kada se odaberu početni slojevi, oni bi trebali biti jedinstveni za određeno područje u kojem želimo sekvencirati. Također bi trebao biti s ispravnom orijentacijom, gdje se sekvence obično generiraju od 3 'do 5' krajeva početnih slojeva. U slijedu bi trebala nedostajati nepoželjna samohibridizacija, poput stvaranja petlji za ukosnice. Ne smije sadržavati uzastopno stvaranje gvaninskih baza.
Temperatura topljenja (Tm) temeljnog premaza mora odgovarati uvjetima sekvenciranja. Stoga bi trebao ležati između 52 o C i 74 o C. Priprema oligonukleotida koji će se koristiti kao temeljni premaz treba pročistiti da se dobije željena puna duljina sekvence. Ako oligonukleotidi sadrže nečistoće, signalizacija sekvence početnika bit će postavljena s različitih mjesta priminga, a također će smanjiti broj baznih stanica.
Slika 02: Redoslijed sekvenciranja
Temperatura topljenja početnog sloja (Tm) oligonukleotida određuje koliko će jake komplementarne DNA niti biti međusobno hibridizirane. Tm se može smatrati termodinamičkim proračunom gdje ovisi i o sljedovima DNA i o nekoliko uvjeta poput koncentracije soli. Tm je važan tijekom PCR-a, gdje se varijanta koja se naziva sekvenciranje ciklusa koristi za stvaranje skupine fragmenata završenih dideoksinukleotidom. Ovdje će se početni sloj koji se sekvencira u početku alternativno žariti, zatim produžiti i na kraju denaturirati za pojačanje. Stoga bi vrijednost Tm trebala biti između 52 o C i 74 oC. Sintetizirani oligonukleotidi mogu se dobiti iz laboratorija za sintezu DNA / RNA prema izboru. Mala razina sinteze koja se koristi za sekvenciranje DNA obično je 50 nmol. Također najvažnije je da se početni premazi koji se koriste za sekvenciranje trebaju pročistiti kako bi bili bez nečistoća koje će spriječiti smanjenje kvalitete.
Koje su sličnosti između primera za PCR i primera za sekvenciranje?
- I PCR početnici i početnici za sekvenciranje su početnici koji se koriste u procesu amplifikacije ciljane sekvence DNA.
- I PCR početnici i početnici za sekvenciranje sastoje se od nukleotida.
- I PCR početnici i sekvencirani početnici kratki su oligomeri.
Koja je razlika između primera za PCR i primera za sekvenciranje?
Diff Article Sredina prije tablice
PCR Primeri vs Primeri za sekvenciranje |
|
| PCR početnici su kratke DNA lanci s nukleotidnom sekvencom duljine 18-25 što ih čini kompatibilnima s početnim i završnim područjem DNA fragmenata koji se trebaju amplificirati. | Primeri za sekvenciranje kratki su oligomeri koji se koriste u kontekstu sekvenciranja DNA fragmenta s namjerom da se otkrije njegov specifični identitet. |
| Funkcija | |
| PCR početnice koriste se za amplifikaciju određene sekvence DNA. | Primeri za sekvenciranje koriste se u kontekstu sekvenciranja DNA fragmenta s namjerom da se otkrije njegov specifični identitet. |
| Broj potrebnih početnih premaza | |
| Dvije početnice; jedan prajmer i jedan reverzni primer se koriste kao PCR početnice. | Treba vam samo jedan temeljni premaz kao temeljni premaz za sekvenciranje. |
Sažetak - Primjeri za PCR vs Primeri za sekvenciranje
Primeri za sekvenciranje koriste se u kontekstu sekvenciranja DNA fragmenta s namjerom da se otkrije njegov specifični identitet. Za pokretanje postupka bit će dovoljan jedan primer za sekvenciranje. Da bi se dobili dobri rezultati sekvenciranja, važni su temeljni premazi i predlošci. Dakle, kada se odaberu početni slojevi, oni bi trebali biti jedinstveni za određeno područje u kojem želimo sekvencirati. PCR početnici su kratke DNA lanci s nukleotidnom duljinom 18-25 koji je kompatibilan s početnom i završnom regijom DNA fragmenata koji se trebaju amplificirati. PCR početnice mogu biti premaz za naprijed i natrag. Sadržaj gvanina i citozina (GC) u dobrom temeljnom premazu trebao bi biti u rasponu od 40-60. Temperatura žarenja temeljnog premaza i temperatura topljenja ključni su aspekti tijekom PCR-a. To je razlika između primera za PCR i primera za sekvenciranje.
