Ključna razlika između početnika i promotora je u tome što je primer komercijalno sintetizirana kratka sekvenca DNA koja se koristi u PCR-u za amplifikaciju ciljane sekvence DNA, dok je promotor specifična sekvenca DNA koja osigurava sigurno početno mjesto vezanja RNA polimeraze i transkripcijskih faktora u kako bi se pokrenula transkripcija.
Primer i promotor dvije su vrste sljedova DNA. Primer je mali fragment DNA potreban za lančanu reakciju polimeraze (PCR). Ima kratke nukleotidne sekvence komplementarne bočnom kraju lanca DNA. Postoje dvije vrste početnica i one djeluju kao polazišta za sintezu novih DNA lanaca. Suprotno tome, promotor je specifična sekvenca DNA smještena uzvodno do mjesta inicijacije transkripcije gena. Izravno komunicira s komponentama transkripcijskog mehanizma kao što su RNA polimeraza i transkripcijski čimbenici kako bi kontrolirao transkripciju DNA. Stoga se RNA polimeraza i drugi transkripcijski faktori vežu za promotorsku sekvencu i započinju transkripciju.
