Ključna razlika između endopeptidaze i egzopeptidaze je u tome što endopeptidaza razbija peptidne veze unutar molekula proteina, dok egzopeptidaza cijepa peptidne veze na terminalima proteinskih molekula.
Proteini su važne makromolekule, koje su ključne za većinu biokemijskih reakcija koje se javljaju u svim organizmima. Različite aminokiseline udružuju se i tvore te proteine. Nadalje, enzimi kataliziraju hidrolizu proteina natrag u aminokiseline. Oni su specifični enzimi zvani proteaze ili peptidaze. Stoga imaju sposobnost razgradnje peptidnih lanaca proteina u aminokiseline. Štoviše, peptidaze mogu biti endopeptidaze ili egzopeptidaze.
