Ključna razlika između chaperona i chaperonina je u tome što chaperones obavljaju širok spektar funkcija, uključujući preklapanje i razgradnju proteina, pomažući u sastavljanju proteina, itd., Dok je ključna funkcija chaperonina pomoć u savijanju velikih molekula proteina.
Molekularni pratitelji ili chaperoni su molekule proteina koji pomažu u procesu presavijanja proteina u složene strukture. Stoga su chaperonini vrsta chaperona, koji uključuje proteine toplinskog šoka. Od svih vrsta chaperona, chaperonini su najproučeniji proteini zbog važne uloge koju igra tijekom ispravnog savijanja proteina. Stoga djelovanje chaperona i chaperonina sprječava nepovratnu agregaciju bjelančevina i time omogućava njihovu funkcionalnost. Chaperones i chaperonini razlikuju se na temelju funkcionalnosti dviju molekula.