Ključna razlika između alela i lokusa je u tome što se alel odnosi na jednu od dvije ili više alternativnih sekvenci gena na određenom lokusu, dok se lokus odnosi na određeno mjesto na kromosomu gdje se gen može naći.
U obliku gena, genetske informacije nasljeđuju od roditelja potomstvo. Geni su specifične nukleotidne sekvence smještene u kromosomima. Mnogo se gena može naći u genomu organizma. Njihov je raspored u genomu precizan, a mjesto gena može se lako pronaći pomoću genetskog markera. Nadalje, određeni gen može imati različite verzije koje nazivamo alelima. Specifično mjesto gena u kromosomu također je vrlo važno i nazivamo ga lokusom.
