Ključna razlika između izravne i neizravne imunofluorescencije je u tome što izravna imunofluorescencija koristi jedno antitijelo koje djeluje protiv ciljanog cilja, dok indirektna imunofluorescencija koristi dva antitijela za označavanje ciljanog cilja.
Imunofluorescencija ili slikanje stanica je tehnika koja se koristi za obilježavanje određenog ciljnog antigena fluoroforom. Ovdje je fluorofor fluorescentni kemijski spoj koji može ponovno emitirati svjetlost nakon svjetlosne pobude. Kad se fluorofor veže s ciljnim antigenom, omogućuje otkrivanje ciljne molekule u uzorku. Da bismo ga dalje opisali, kada se antigen veže sa određenim antitijelom, može se konjugirati s fluoroforima. Stoga je lako otkriti prisutnost ciljnog antigena u uzorku kada se promatra pod fluorescentnim mikroskopom.
Osim toga, postoje dvije vrste imunofluorescencije; izravna i neizravna imunofluorescencija. Razlika između izravne i neizravne imunofluorescencije uglavnom leži u broju korištenih antitijela i konjugaciji fluorofora. To jest, u izravnoj imunofluorescenciji, fluorofor izravno konjugira s primarnim antitijelom, dok u neizravnoj imunofluorescenciji, fluorofor konjugira sa sekundarnim antitijelom.
