Ključna razlika između gram pozitivnih i gram negativnih bakterija je u tome što gram pozitivne bakterije imaju debeli sloj peptidoglikana, stoga se pojavljuju u ljubičastoj boji, dok gram negativne bakterije imaju tanak sloj peptidoglikana, pa se na kraju tehnike bojenja u gramima pojavljuju u ružičastoj boji.
Bakterije su sveprisutni prokarioti koji su jednoćelijski i mikroskopski. Oni pripadaju Kraljevstvu Monera zajedno s Arhejama. Štoviše, imaju vrlo jednostavnu staničnu organizaciju. Strukturno im nedostaju unutarnji pretinci; jezgrom i ostalim organelama vezanim za membranu. Štoviše, bakterije se mogu klasificirati na temelju nekoliko karakteristika kao što su oblik, genetski sastav, sastav staničnih stijenki, broj bičeva, prehrana, biokemijske reakcije itd. Bojenje po Gramu jedna je od tehnika koja se obično koristi u identifikaciji i karakterizaciji bakterija. Prema bojanju po gramu, postoje dvije kategorije bakterija kao što su gram pozitivne i gram negativne bakterije. Ove dvije skupine bakterija međusobno se razlikuju po sastavu staničnih stijenki. Stoga se tijekom tehnike bojenja gramima boje u različite boje.
