Ključna razlika između pluripotentnih i multipotentnih matičnih stanica je u tome što pluripotentne stanice imaju sposobnost diferencijacije u bilo koji tip stanica iz tri sloja klica, dok multipotentne matične stanice imaju sposobnost razvoja u ograničenom rasponu specifičnih tipova stanica.
Određene stanice imaju sposobnost diferencijacije u druge vrste specijaliziranih stanica. Ta se sposobnost naziva potencija stanice. Kada se stanica može diferencirati u više tipova stanica, ta određena stanica ima veliku snagu. Isto tako, matične stanice imaju veliku staničnu snagu. To su nediferencirane stanice višećelijskih organizama koje se mogu brzo dijeliti i diferencirati u druge tipove stanica. Sukladno tome, postoje dvije glavne vrste matičnih stanica. Naime, to su embrionalne matične stanice i matične stanice odraslih. Na temelju sposobnosti diferencijacije u tipove stanica, neke su matične stanice totipotentne, dok su neke pluripotentne i multipotentne. Pluripotentne matične stanice mogu postati bilo koja vrsta stanica u tri sloja klice, dok se multipotentne matične stanice mogu diferencirati u određene tipove stanica. Sukladno tome, embrionalne matične stanice su pluripotentne stanice. S druge strane, matične stanice krvi su multipotentne matične stanice.
