Ključna razlika između autologne i alogene transplantacije matičnih stanica je u tome što se u autolognoj transplantaciji matičnih stanica u transplantaciji koriste vlastite stanice, dok se u alogenoj transplantaciji matičnih stanica donor usklađuje prije transplantacije, a zatim daje.
Transplantacija matičnih stanica tehnika je koja se uglavnom koristi u liječenju raka. U transplantaciji matičnih stanica, matične stanice s prikladnim naprednim karakteristikama daju se tako da se razviju u imunološke stanice sposobne za uništavanje stanica karcinoma. Njegova je druga funkcija zaštita nemalignih stanica u tijelu. Autologna i alogena transplantacija matičnih stanica dvije su vrste tehnika transplantacije matičnih stanica. Autologna transplantacija matičnih stanica koristi vlastite matične stanice za transplantaciju, dok alogena transplantacija matičnih stanica koristi matične stanice odgovarajućeg davatelja.
