Ključna razlika između zooplanktona i fitoplanktona je u tome što je zooplankton heterotrofni nefotosintetizirajući plankton koji je ili protozojski ili životinjski, dok je fitoplanktoni autotrofni fotosintetski plankton koji je ili dijatom, cijanobakterija ili alga.
Planktoni su maleni organizmi koji žive i plutaju u oceanima, morima ili slatkovodnim tijelima. Većina ih je mikroskopska i važan su izvor hrane za veće životinje. Dvije su glavne vrste planktona, naime zooplanktoni i fitoplanktoni. Zooplanktoni su heterotrofni i uključuju životinje koje nisu sposobne za fotosintezu. S druge strane, fitoplanktoni su fotosintetski planktoni, koji su autotrofi. Osim toga, fitoplanktoni energiju spremaju fotosintezom, a zooplanktoni i nekton (životinje krupnog tijela koje se aktivno kreću u vodenom stupcu) hrane se njima. Ljudi i drugi grabežljivci hrane se nektonom i nekim većim zooplanktonom u velikim razmjerima. Također, ljudske aktivnosti poput zagađenja okoliša u velikoj mjeri utječu negativno na ovaj protok energije koji započinje od fitoplanktona.
