Ključna razlika između mitoze i binarne fisije je ta što je mitoza vrsta nuklearne diobe koja se javlja u eukariotskim organizmima kako bi se iz matične stanice proizvele dvije identične stanice kćeri, dok je binarna fisija vrsta aseksualne reprodukcije / diobe stanica koja se javlja u prokariotskim organizmi kako bi se umnožili i povećali njihov broj.
Svi oblici života prokariota i eukariota moraju imati neka sredstva za umnožavanje svoje osnovne građevne jedinice; "Stanicu" bez obzira na složenost njihove stanične organizacije. Stoga je ovaj proces vitalni za rast i regeneraciju u višećelijskim organizmima, kao i za nespolno razmnožavanje u nekim jednoćelijskim organizmima. S tim u vezi, oba procesa, mitoza i binarna fisija, očito imaju sličan ishod stvaranja dvije jedinice iz jedne. Međutim, pažljiva, dubinska analiza oba procesa otkriva zapanjujuću razliku između mitoze i binarne fisije.
