Ključna razlika između endocitoze i fagocitoze je u tome što je endocitoza postupak unošenja tvari u stanicu stvaranjem mjehurića stanične membrane, dok je fagocitoza postupak unošenja velike krute tvari u stanicu stvaranjem fagosoma.
Endocitoza i fagocitoza dva su transportna mehanizma koja unose materijale u stanicu. Endocitoza je tri kategorije. Među njima su fagocitoza i pinocitoza dvije najčešće vrste. Štoviše, fagocitoza je oblik endocitoze. Tijekom oba mehanizma, materijali se uzimaju unutar vezikula. Ti materijali uključuju ostatke stanica, enzime, mrtve stanice, patogene organizme, hormone, hranjive tvari itd. Suprotan mehanizam endocitoze je egzocitoza, koja uključuje uklanjanje materijala iz stanice zatvorene u vezikule.
