Ključna razlika između fagocitoze i opsonizacije je u tome što je fagocitoza mehanizam koji određene stanice ili organizmi izvršavaju radi gutanja ili gutanja stranih čestica, dok je opsonizacija postupak kojim se patogeni uklanjaju iz sustava nakon što se označe pomoću opsonina.
Imunološki odgovori mogu biti urođeni ili prilagodljivi. Patogeni posjeduju receptore za prepoznavanje patogena zbog kojih ih domaćin može lakše identificirati. Opsonizacija i fagocitoza dva su imunološka odgovora. U opsonizaciji, domaćin identificira i označava napadnute čestice radi uništavanja stvaranjem opsonina. Fagocitoza je mehanizam kojim određene imunološke stanice zahvaćaju i uništavaju napadnute čestice ili strane čestice iz tijela.
