Ključna razlika između transformacije i transdukcije je ta što je transformacija mehanizam koji mijenja genetski materijal bakterija izravnim unosom egzogenog genetskog materijala iz svoje okoline kroz staničnu membranu i njegovim ugradnjom u genom, dok je transdukcija ubrizgavanje strane DNA virus bakteriofaga u bakteriju domaćina.
Konjugacija je dobro poznata metoda rekombinacije DNA koja se može naći i kod eukariota i kod prokariota. Znanstvenici su otkrili da je moguće prenijeti DNA iz jedne bakterijske stanice u drugu pomoću druga dva mehanizma: transformacijom i transdukcijom. Slično konjugaciji, ova dva mehanizma prenose DNA u jednom smjeru i dolazi do rekombinacije između alela u homolognim regijama DNA. Oba mehanizma prenose vrlo malo količina DNA i ne prenose cijeli kromosom stanice.
