Ključna razlika između estera i etera je u tome što je funkcionalna skupina estera –COO, dok je funkcionalna skupina etera –O-.
Ester i eter su organske molekule s atomima kisika. Esteri imaju skupinu –COO. Ovdje je jedan atom kisika vezan za ugljik dvostrukom vezom, a drugi kisik vezan je za jednostruku vezu. Budući da se samo tri atoma povezuju s atomom ugljika, on oko sebe ima trigonalnu ravninsku geometriju. Nadalje, atom ugljika je sp 2 hibridiziran. Štoviše, ester je derivat karboksilne kiseline. S druge strane, eter ima atom kisika s dvije jednostruke veze s dvije alkilne ili arilne skupine. Atom kisika ima i dva usamljena elektronska para.
