Ključna razlika između ciste i spora je u tome što je cista uspavani stadij bakterija ili protozoa koji olakšava njihov opstanak tijekom nepovoljnih uvjeta okoliša, dok je spora reproduktivna struktura koja se može razviti u novu jedinku.
Mikroorganizmi, posebno bakterije, proizvode različite strukture poput cista, endospora itd. Da bi preživjeli i širili se u različitim okruženjima. Ciste su uspavane strukture koje im pomažu da prežive u teškim uvjetima okoliša. To nije reproduktivna struktura. Suprotno tome, spora je reproduktivna struktura koja može stvoriti novu jedinku. Cilj ovog članka je raspraviti o razlici između ciste i spora.