Ključna razlika između BLAST-a i FastA-e je u tome što je BLAST osnovni alat za poravnavanje dostupan na web mjestu Nacionalnog centra za biotehnološke informacije, dok je FastA alat za traženje sličnosti dostupan na web mjestu Europskog instituta za bioinformatiku.
BLAST i FastA dva su softvera koji se široko koriste za usporedbu bioloških sekvenci DNA, aminokiselina, proteina i nukleotida različitih vrsta i traženje njihovih sličnosti. Ti su algoritmi napisani imajući na umu brzinu. Jer, kad su znanstvenici sredinom 1980-ih uspjeli izolirati DNA u laboratoriju, potaknula je potrebu za usporedbom i pronalaženjem identičnih gena za daljnja istraživanja velikom brzinom. Stoga su ova dva softvera razvijena na način da korisnik može brzo pretraživati slične sekvence kao i one njihovih sekvenci upita.
BLAST je kratica od Basic Tool Alignment Search Tool i koristi lokalizirani pristup u usporedbi dviju sekvenci. FastA je softver koji se odnosi na Fast A gdje A označava All. Ovdje softver radi s abecedama kao što su Fast A za sekvenciranje DNA i Fast P za proteine. I BLAST i FastA vrlo su brzi u usporedbi bilo koje baze podataka o genomima, pa su stoga novčano održivi, kao i štedi vrijeme.
