Ključna razlika između auksotrofa i prototrofa je u tome što su auksotrofi mutirani mikroorganizmi koji su izgubili sposobnost stvaranja određenog organskog spoja potrebnog za njihov rast, dok su prototrofi mikroorganizmi divljeg tipa koji su sposobni proizvesti sve potrebne organske spojeve.
Mikroorganizmi pokazuju različite načine prehrane. Osobito, bakterije imaju različite sposobnosti. Neke su bakterije sposobne fotosintetizirati i proizvesti vlastitu hranu, dok neke bakterije žive u simbiotskim odnosima s organizmom domaćinom i dobivaju hranjive sastojke. Nadalje, neke bakterije razgrađuju organsku tvar i stječu hranjive sastojke. Auksotrofi i prototrofi su dvije skupine mikroorganizama koje se razlikuju na temelju njihove sposobnosti da proizvode organske spojeve za svoj rast. Prototrofi mogu sintetizirati sve organske spojeve potrebne za njihov rast, dok autotrofi ne mogu stvoriti određeni organski spoj koji je neophodan za njegov rast zbog mutacije.
