Ključna razlika između embrionalnih i somatskih matičnih stanica je u tome što su embrionalne matične stanice pluripotentne nediferencirane stanice koje imaju embrionalno podrijetlo, dok su somatske matične stanice multipotentne nediferencirane stanice tkivnog i organskog podrijetla.
Matične stanice su nediferencirane stanice koje su sposobne prerasti u istinska tkiva ili organe. Općenito postoje dvije glavne vrste matičnih stanica kao što su embrionalne matične stanice i matične stanice odraslih (somatske matične stanice). U slučaju diferencijacije, embrionalne matične stanice mogu se diferencirati u bilo koju vrstu stanica. Suprotno tome, somatske matične stanice mogu se razlikovati samo u nekoliko stanica specifičnih za tkivo. Stoga su embrionalne matične stanice pluripotentne, dok su somatske matične stanice multipotentne. Jednostavnim riječima, sposobnost diferencijacije visoka je u embrionalnim matičnim stanicama u usporedbi sa somatskim matičnim stanicama.
