Ključna razlika između Watsona i Cricka i Hoogsteen-ovog osnovnog uparivanja je u tome što je Watson-ovo i Crickovo osnovno uparivanje standardni način koji opisuje stvaranje baznih parova između purina i pirimidina. U međuvremenu, Hoogsteen uparivanje baza alternativni je način formiranja baznih parova u kojima purin poprima drugačiju konformaciju u odnosu na pirimidin.
Nukleotid ima tri komponente: dušičnu bazu, pentozni šećer i fosfatnu skupinu. U strukturi DNA i RNA sudjeluje pet različitih dušičnih baza i dva pentozna šećera. Kad ti nukleotidi tvore nukleotidni slijed, komplementarne baze, bilo purini ili pirimidini, stvaraju vodikove veze između sebe. To je poznato kao osnovno uparivanje. Stoga se osnovni par stvara spajanjem dvije dušične baze vodikovim vezama. Watson i Crick's osnovno uparivanje klasičan je ili standardni pristup, dok je Hoogsteen uparivanje baza alternativni način formiranja baznih parova.
