Ključna razlika između slučajne i utisnute X inaktivacije je u tome što je slučajna X inaktivacija inaktivacija očinskog ili majčinog X kromosoma s jednakom vjerojatnosti tijekom vremena gastrulacije u epiblastu, dok je utisnuta X inaktivacija ne slučajna X inaktivacija otački izvedenog X kromosom u ekstraembrionalnim tkivima sisavaca.
X inaktivacija je proces viđen kod ženskih sisavaca. Općenito, ženke imaju dva X kromosoma. A kod ženskih sisavaca jedan X kromosom postaje neaktivan. Drugim riječima, jedan X kromosom postaje transkripcijski neaktivna struktura. Jednom kada se to dogodi, taj određeni X kromosom ostaje neaktivan tijekom života stanice i njezinih potomaka u organizmu. Nadalje, inaktivirani X kromosom kondenzira se u kompaktnu strukturu koja se naziva Barrovo tijelo i stabilno se održava u tihom stanju. Također, postupak inaktivacije X ovisi o kontroli dviju nekodirajućih komplementarnih RNA. Međutim, inaktivacija X-a ne događa se kod muškaraca koji imaju samo jedan X kromosom. Štoviše, X inaktivacija se može dogoditi slučajno ili uslijed utiskivanja.
