Ključna razlika između X inaktivacije i genomskog utiskivanja je u tome što je X inaktivacija postupak kojim se kod nekih žena deaktivira jedna kopija X kromosoma, dok je genomsko utiskivanje postupak koji ovisi o roditelju podrijetla i to je postupak u kojem kopije geni su različito izraženi.
X inaktivacija i genomsko utiskivanje dva su postupka koja mogu dovesti do monoaleličke ekspresije. Jednostavnim riječima, oba fenomena uzrokuju isključivanje jedne kopije gena. Genomsko se utiskivanje odvija u određenim genima, dok X inaktivacija uzrokuje inaktivaciju gena u cijelom X kromosomu. Međutim, oba procesa rezultiraju smanjenom ekspresijom gena.
