Ključna razlika između linearnih i rotacijskih molekularnih motora uglavnom se temelji na kretanju kompleksa koji tvore motorni protein. Dok linearni molekularni motori pokazuju jednosmjerno linearno kretanje među kompleksima, rotacijski molekularni motori pokazuju rotacijske pokrete oko različitih kompleksa koji tvore molekularni motor.
Molekularni motori su važne biomolekule koje sudjeluju u mnogim reakcijama, posebno povezanim s proizvodnjom energije u smislu adenozin trifosfata (ATP). Oni igraju ključnu ulogu u pokretu ili mehaničkom radu. Motorni proteini koriste slobodnu energiju iz ATP ili hidrolize nukleotid trifosfata kako bi proizveli mehaničku silu. Postoje dvije vrste molekularnih motora kao linearni molekularni motori i rotacijski molekularni motori. Predstavljaju dva načina rada motora.
