Ključna razlika između egzogenog i endogenog pupanja je u tome što se kod egzogenog pupanja novi organizam ili pupoljak razvija na površini majčina roditelja, a zatim sazrijeva i odvaja od njega dok se u endogenom pupanju novi organizam ili pupoljak razvija unutar majke stanica.
Pupanje je vrsta nespolnog razmnožavanja iz kojeg se razvija novo potomstvo vezano za majku roditelja. Pojavljuje se iz izdanka ili pupa. Općenito, pupoljak se razvija na roditeljskoj stanici i proteže se prema van. Tada sazrijeva i odvaja se od majke roditelja, postajući neovisan organizam. Dakle, ova vrsta pupanja naziva se egzogeno pupanje. Ali, kod nekih se organizama također vidi unutarnje pupanje. Ovdje se pupoljak ili kćerka stvara unutar matične stanice. Stoga se to naziva endogenim pupanjem.
