Ključna razlika između sintenije i kolinearnosti je u tome što je sintenija fizička kolokalizacija genetskih lokusa na istom kromosomu u vrstama, dok je kolinearnost fizička kolokalizacija genetskih lokusa na istom kromosomu u različitim vrstama, uz očuvanje istog reda.
Sintezija i kolinearnost dva su pojma koji se u genomici koriste naizmjenično. Oba termina opisuju obrasce lokalizacije gena na kromosomima kod različitih vrsta. Ti srodni genski aranžmani među svojtama dragocjene su informacije kad se zaključuje o zajedničkom podrijetlu gena. Sintenija se odnosi na fizičku kolokalizaciju genetskih lokusa na istom kromosomu u vrstama. Kolinearnost se odnosi na fizičku kolokalizaciju genetskih lokusa na istom kromosomu u različitim vrstama koje čuvaju isti poredak. Stoga je to oblik sinteze.
