Ključna razlika između CRISPR-a i CRISPR-a Cas9 je u tome što je CRISPR (klasterirani redovito isprepleteni kratki palindromični ponovci) prirodni prokariotski imunološki obrambeni mehanizam, dok je CRISPR cas9 RNA-vođena Cas9 nukleaza koja je dio adaptivnog imunološkog sustava CRISPR-a.
CRISPR je antivirusni obrambeni imunološki sustav koji se nalazi u bakterijama i arhejama. To je obitelj DNA sekvenci pronađenih u genomu bakterija. Sastoji se od razmaknih sljedova izvedenih iz fragmenata DNA bakteriofaga koji su ih prethodno zarazili. U kasnijim virusnim infekcijama, bakterije koriste te sekvence za uništavanje virusne DNA. CRISPR sekvence imaju kratke palindromske ponavljanje i razmakne sekvence. Štoviše, CRISPR sekvence ponovljenih odstojnika često imaju povezane gene koji kodiraju Cas proteine. Cas9 je RNK vođena endonukleaza. Zajedno s CRISPR sekvencama, protein Cas9 djeluje kao adaptivni imunološki sustav u bakterijama protiv bakteriofaga.
