Ključna razlika između kromatofocusinga i izoelektričnog fokusiranja je u tome što je kromatofocus vrsta kolonske kromatografske metode koja koristi ionske izmjenjivačke smole, dok je izoelektrično fokusiranje vrsta tehnike elektroforeze koja koristi imobilizirane gelove s gradijentnim pH.
Kromatofokusiranje i izoelektrično fokusiranje dvije su tehnike koje razdvajaju proteine prema njihovim izoelektričnim točkama. I kromatofokusiranje i izoelektrično fokusiranje imaju veliku moć razlučivanja. Kromatofokusiranje je metoda kromatografije na stupcu visoke rezolucije, dok je izoelektrično fokusiranje metoda elektroforetskog odvajanja. Štoviše, kromatofokusiranje ne koristi električno polje dok izoelektričnom fokusiranju treba električno polje.
