Ključna razlika - Alpha Helix vs Beta nabrani list
Alfa spirala i beta naborani listići dvije su najčešće pronađene sekundarne strukture u polipeptidnom lancu. Ove dvije strukturne komponente prvi su glavni koraci u procesu presavijanja polipeptidnog lanca. Ključna razlika između Alpha Helixa i Beta naboranog lista je u njihovoj strukturi; imaju dva različita oblika za obavljanje određenog posla.
Što je Alpha Helix?
Alfa spirala je desna zavojnica aminokiselinskih ostataka na polipeptidnom lancu. Raspon aminokiselinskih ostataka može varirati od 4 do 40 ostataka. Vodikove veze stvorene između kisika C = O skupine na gornjoj zavojnici i vodika NH skupine donje zavojnice pomažu u održavanju zavojnice. Vodikova veza nastaje na svaka četiri aminokiselinska ostatka u lancu na gore navedeni način. Ovaj ujednačeni uzorak daje mu određene značajke poput debljine zavojnice i diktira duljinu svakog kompletnog zavoja duž osi zavojnice. Stabilnost alfa spiralne strukture ovisi o nekoliko čimbenika.
O atomi u crvenoj, N atomi u plavoj i vodikove veze kao zelene točkaste linije
Što je Beta nabrani list?
Beta naborani lim, poznat i kao beta list, smatra se drugim oblikom sekundarne strukture u proteinima. Sadrži beta niti koje su bočno povezane najmanje dvije ili tri okosnične vodikove veze kako bi stvorile uvijeni, naborani list kao što je prikazano na slici. Beta nit je dio polipeptidnog lanca; njegova je duljina uglavnom jednaka 3 do 10 aminokiselina, uključujući kralježnicu u proširenoj potvrdi.
Četverolančani antiparalelni fragment β lista iz kristalne strukture enzima katalaze.
a) pokazivanje antiparalelnih vodikovih veza (točkastih) između peptidnih NH i CO skupina na susjednim nitima. Strelice pokazuju smjer lanca, a konture gustoće elektrona ocrtavaju atome koji nisu H. O atomi su crvene kuglice, N atomi su plavi, a H atomi su izostavljeni zbog jednostavnosti; bočni lanci prikazani su samo prema prvom atomu bočnog lanca C (zeleni)
b) Pogled s ruba na središnje dvije β niti
U beta nabranim listovima polipeptidni lanci idu jedan uz drugi. Naziv "naborani list" dobiva zbog valovitog izgleda strukture. Oni su međusobno povezani vodikovim vezama. Ova struktura omogućuje stvaranje više vodikovih veza istezanjem polipeptidnog lanca.
Koja je razlika između Alpha Helix i Beta naboranog lista?
Struktura Alpha Helixa i Beta nabora
Alfa zavojnica:
U ovoj strukturi polipeptidna okosnica čvrsto je vezana oko zamišljene osi kao spiralna struktura. Poznat je i kao helikoidni raspored peptidnog lanca.
Stvaranje alfa spiralne strukture događa se kada se polipeptidni lanci uvijeju u spiralu. To omogućuje svim aminokiselinama u lancu da međusobno tvore vodikove veze (vezu između molekule kisika i molekule vodika). Vodikove veze omogućuju zavojnici da zadrži spiralni oblik i daje čvrstu zavojnicu. Ovaj spiralni oblik čini alfa zavojnicu vrlo snažnom.
Vodikove veze označene su žutim točkama.
Beta nabrani list:
Kada se dva ili više fragmenata polipeptidnih lanaca preklapaju jedan s drugim, tvoreći međusobno niz vodikovih veza, mogu se pronaći sljedeće strukture. To se može dogoditi na dva načina; paralelni raspored i antiparalelni raspored.
Primjeri strukture:
Alfa zavojnica: Nokti na rukama i nogama mogu se uzeti kao primjer strukture alfa zavojnice.
Beta nabrani lim: Struktura perja slična je strukturi beta nabora.
Značajke strukture:
Alfa zavojnica: U strukturi zavojnice alfa postoji 3,6 aminokiselina po zavoju zavojnice. Sve su peptidne veze trans i planarne, a NH skupine u peptidnim vezama usmjerene su u istom smjeru, što je približno paralelno s osi zavojnice. C = O skupine svih peptidnih veza usmjerene su u suprotnom smjeru, a paralelne su s osi zavojnice. C = O skupina svake peptidne veze vezana je za NH skupinu peptidne veze tvoreći vodikovu vezu. Sve R-skupine usmjerene su prema zavojnici prema van.
Beta naborani list: Svaka peptidna veza u beta nabranom listu je ravna i ima transkonformaciju. C = O i NH skupine peptidnih veza iz susjednih lanaca nalaze se u istoj ravnini i usmjerene su jedna prema drugoj tvoreći vodikovu vezu između njih. Sve R-skupine u bilo kojem lancu mogu se alternativno pojaviti iznad i ispod ravnine lima.
Definicije:
Sekundarna struktura: Oblik je presavijenog proteina zbog vodikove veze između njegove amidne i karbonilne skupine.
