Ključna razlika između acetil CoA i acil CoA je u tome što acetil CoA (ili acetil koenzim A) pomaže u metabolizmu bjelančevina, ugljikohidrata i lipida, dok acil CoA (ili acil koenzim A) pomaže u metabolizmu masnih kiselina.
Acetil CoA je vrlo koristan u isporuci acetilne skupine u Krebsov ciklus za proizvodnju energije. Acetil skupina je funkcionalna skupina koja ima kemijsku formulu -C (O) CH 3. Acilna skupina je također funkcionalna skupina koja ima kemijsku formulu -C (O) R, gdje je R skupina bočni lanac masnih kiselina. Korisna je u proizvodnji energije pretvaranjem u acetil CoA.
